Anggota polisi yang berada di lapangan secara persuasif melakukan pendekatan kepada korban sehingga terjadi dialog. Salah satu anggota mendatangi MT kemudian mengenalkan diri sebagai petugas Polda dan hendak menangkap MT.
Kemudian MT melarikan diri dan dikejar oleh petugas, lalu petugas mengeluarkan tembakan peringatan. Dari situ terjadi duel sehingga senjata mengarah kepada petugas lalu diambil tindakan untuk melumpukan. Korban MT kemudian dibawa ke rumah sakit sekitar pukul 10.00 WIT.
Sementara rusuh di Waena terjadi beberapa saat setelah MT dibawa oleh aparat keamanan menuju Rumah Sakit Bhayangkara Jayapura. Aksi massa tersebut, menyebabkan korban materil, sejumlah kendaraan roda empat, roda dua, pertokoan serta warung mengalami rusak. Sementara empat orang korban dari kalangan masyarakat, tak luput dari penganiayaan kelompok tak dikenal tersebut.
Kapolda Papua Irjen Bigman L Tobing menegaskan rusuh di Jayapura merupakan imbas dari penangkapan salah satu Koordinator Komite Nasional Papua Barat (KNPB) Mako Tabuni saat hendak diamankan Anggota Polda Papua di simpang tiga pangkalan ojek, Perumnas 3 Waena, Jayapura, Provinsi Papua.